Muzej se pri svojem delovanju, tj. varstvu premične naravne in kulturne dediščine, omejuje na ozemlje, ki je 830 let tvorilo t.i. loško gospostvo pod oblastjo škofov iz bavarskega Freisinga. Obsegalo je v glavnem Škofjo Loko, Poljansko in Selško dolino, Loško pogorje, del Polhograjskega hribovja, obronke Jelovice in Bohinjskih gora ter Sorško polje. To ozemlje danes sovpada z občinskimi mejami novih občin Škofja Loka, Gorenja vas - Poljane, Žiri in Železniki.